Для автоматической генерации сертификата Let’s Encrypt необходимо зайти в раздел "Сайты" панели управления и под необходимым доменом нажать на иконку "Настройки и PHP":

Далее выбираем тип сертификата: только для основного домена - первый вариант или также для всех поддоменов - второй вариант (wildcard):

SSL сертификат будет автоматически подключён к домену в течение 15 минут, срок действия сертификата - 3 месяца, в дальнейшем происходит его автоматическое продление. Настройку сайта для работы по протоколу https нужно произвести по следующей инструкции.